ゲーム内で特定の条件をクリアするとゲームスタート画面で選択できる｢秘密のモード｣から｢レイトンからの挑戦状｣をプレイ出来るようになります。

挑戦状は5つの部屋に分かれており、1つの部屋にナゾが3問あります。

ここで出題される問題は難易度が高く、クリア後にしか挑戦できない問題もあるのでまずはゲームをクリアしてから挑戦するようにしましょう。

空想の世界を描きし者の部屋

ﾅｿﾞﾅﾝﾊﾞｰ:154〜156

出現条件:｢ふしぎなえほん｣を全てクリア

正しき道を進みし者の部屋

ﾅｿﾞﾅﾝﾊﾞｰ:157〜159

出現条件:｢おもちゃのくるま｣を全てクリア

言葉を集め心を伝える者の部屋

ﾅｿﾞﾅﾝﾊﾞｰ:160〜162

出現条件:｢おしゃべりオウム｣を全てクリア

時空の秘密を解き明かした者の部屋

ﾅｿﾞﾅﾝﾊﾞｰ:163〜165

出現条件:本編クリア

全てのナゾを解明した者の部屋

ﾅｿﾞﾅﾝﾊﾞｰ:165〜168

出現条件:ナゾ001〜165を全てクリア